সামরিক পূর্ত বিভাগের যাবতীয় প্রাপ্তি ও খরচের হিসাব নিরীক্ষার দায়িত্ব এই শাখার উপর অর্পিত। সামরিক পূর্ত বিভাগ এর সমূদয় ইউনিট/ফরমেশন এর বাৎসরিক অডিট প্ল্যান প্রণয়ন। অনুমোদিত অডিট প্ল্যান অনুযায়ী বিভিন্ন ষ্টেশনে অবস্থানরত ইউনিট/ফরমেশনের হিসাব নিরীক্ষার জন্য স্থানীয় যাচাই নিরীক্ষা দল প্রেরণের কর্মসূচী প্রণয়ন। নিরীক্ষান্তে নির্ধারিত সময়ের মধ্যে নিরীক্ষাদল প্রধান খসড়া নিরীক্ষা প্রতিবেদন দাখিল, প্রাপ্ত খসড়া প্রতিবেদন সম্পাদনাকরত: ইস্যুর ব্যবস্থা গ্রহণ, নিরীক্ষা প্রতিবেদনের বর্ণিত গুরুতর আর্থিক অনিয়মের উপর অগ্রিম প্রণয়নের কার্যক্রম গ্রহণ। এছাড়া ইস্যুকৃত নিরীক্ষা প্রতিবেদন অনুসরণ, খসড়া অনুচ্ছেদ প্রণয়ন এবং এতদসংক্রান্ত যাবতীয় পত্র যোগাযোগ ও অন্যান্য দায়িত্ব পালন।